Khoa Toán Kinh tế được thành lập từ Bộ môn Toán theo Nghị quyết 71/NQ-HĐT ngày 31/10/2022 của Hội đồng Trường Đại học Thương mại.

Lịch sử hình thành và phát triển của Bộ môn Toán song hành với quá trình phát triển của Trường Đại học Thương mại. Bộ môn Toán tiền thân là Ban Khoa học Tự Nhiên được thành lập vào năm 1960 cùng với Trường Thương nghiệp Trung ương và sau đó là Ban Khoa học Tự Nhiên của Trường Đại học Thương nghiệp (1965) và hiện tại là Trường Đại học Thương mại (từ năm 1994).

Về truyền thống giảng dạy, ngay từ những ngày đầu thành lập, Bộ môn Toán đã xây dựng được đội ngũ thầy cô có trình độ chuyên môn cao, được tu nghiệp từ hệ thống giáo dục bài bản trong và ngoài nước. Giảng viên của đơn vị nhận nhiệm vụ giảng dạy các học phần Toán học, Tin học cùng các môn Khoa học tự nhiên khác cho sinh viên của toàn trường. Những môn học do Bộ môn đảm nhiệm mang tính chất tính toán cao, cần có tư duy chính xác, logic. Cùng với sự thay đổi trong tư duy của Nhà trường, nhằm nâng cao ứng dụng của Toán học, Bộ môn Toán cũng dần chuyển sang giảng dạy các môn học mang tính ứng dụng cao. Bên cạnh các môn Toán cao cấp là nhóm môn học căn bản giảng dạy cho sinh viên năm nhất, giảng viên Bộ môn Toán còn tham gia giảng dạy những môn mang tính cơ sở ngành như Các mô hình Toán kinh tế, Kinh tế lượng, Toán rời rạc, Các phương pháp và mô hình phân tích dự báo kinh tế - xã hội, Các phương pháp phân tích định lượng trong Quản lý kinh tế, đóng vai trò quan trọng cho việc xây dựng phương pháp nghiên cứu định lượng dành cho sinh viên khối ngành Kinh tế. 

Được sự tin tưởng của Đảng ủy, Hội đồng trường và Ban giám hiệu Trường Đại học Thương mại và để đáp ứng nhu cầu đào tạo nguồn nhân lực ngành Kinh tế số, Bộ môn Toán đã được phát triển thành Khoa Toán Kinh tế và được giao nhiệm vụ quản lý và đào tạo sinh viên chuyên ngành Phân tích kinh doanh trong môi trường số, ngành Kinh tế số và bắt đầu tuyển sinh từ năm học 2023-2024.

Hiện nay, Khoa Toán Kinh tế ngoài việc giảng dạy các học phần chung và học phần cơ sở ngành cho sinh viên toàn trường, Khoa còn đảm nhiệm xây dựng và giảng dạy các học phần chuyên ngành cho sinh viên chuyên ngành Phân tích kinh doanh trong môi trường số, ngành Kinh tế số.

Ngoài ra về đội ngũ nghiên cứu, Khoa Toán kinh tế có 18 giảng viên, trong đó có 14 giảng viên chính, 7 tiến sỹ (3 tiến sĩ được đào tạo ở nước ngoài; 4 tiến sĩ được đào tạo trong nước), 11 thạc sỹ. Khoa có truyền thống hợp tác nghiên cứu sâu rộng cùng các đơn vị như Viện Toán học, Viện Nghiên cứu cao cấp về Toán VIASM, Trường Đại học Sư phạm Hà Nội, Trường Đại học Kinh tế Quốc Dân, Trường Đại học Ngoại thương, Học viện Chính sách và Phát triển, Trường Đại học Thái Nguyên và các khoa chuyên ngành khác của Trường Đại học Thương mại. Một số kết quả NCKH điển hình của Khoa đã thực hiện trong năm năm gần đây gồm có: chủ trì 2 đề tài cấp Bộ và ngang Bộ; 12 đề tài nghiên cứu khoa học các cấp; hơn 30 bài báo khoa học đăng tải trên các tạp chí uy tín trong danh mục ISI và Scopus, cùng nhiều bài báo khoa học công bố trên các tạp chí và hội thảo khoa học có uy tín, được Hội đồng chức danh Giáo sư Nhà nước tính điểm trong lĩnh vực Kinh tế.